Ege Üniversitesi Fen Fakültesine bağlı bir Tabiat Tarihi Müzesi kurulması düşüncesi, ilk kez 1963 yılında ortaya atılmış ve 1967 yılında yaşama geçirilmiştir. Tabiat Tarihi Müzesi 1973 yılında Cumhuriyet’in 50. yılı kutlama programı çerçevesinde, doğa ve doğa tarihi ile ilgili objeleri ilk kez topluma sunmuştur. Tabiat Tarihi Müzesi, bir müddet enstitü statüsünde faaliyet gösterdikten sonra, Fen Fakültesi Kurulu’nun önerisi, Senatonun 22.10.1991 tarih ve 11/7 sayılı kararı ve Yükseköğretim Kurulu’nun 19.06.1991 tarih ve 2887 sayılı onayı ile Rektörlüğe “Tabiat Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi” olarak bağlanmıştır.

Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi yapısındaki Tabiat Tarihi Müzesi, Ankara Maden Tetkik ve Arama Genel Müdürlüğündeki Tabiat Tarihi Müzesinden sonra, Türkiye’de kurulmuş ikinci büyük Tabiat Tarihi Müzesidir. Ayrıca, Fen Bilimlerine bağlı Tabiat Tarihi Anabilim Dalında uyguladığı Yüksek Lisans Eğitim Programı ve doğa tarihi bilim dalında araştırma yapan kadrosu ile Türkiye’nin ilk Üniversite yapısındaki akademik Müzesidir.