Anadolu’daki Arkeolojik yerleşimler arasında en erken keşfedilen antik kentlerden birisi olan Bergama’da, 1865 yılında Akropol’deki Bizans duvarı içinde, Zeus Sunağı’nın yüksek kabartmalarının bulunması sonucu, ilk araştırma çalışmaları başlamıştır. 1878-86 yılları arasında C. Humann ve A. Conze tarafından bu çalışmalar resmi kazılara dönüştürülmüştür. Bu kazılar sonrasında gün yüzüne çıkartılan eserlerin korunması amacıyla kazı evi bahçesinde küçük bir depo müze oluşturulmuştur. 1900-13 yılları arsında W. Dörpheld, H. Hepding ve P. Schatzwann tarafından Akropol’de kazı çalışmaları yürütülmüştür. Akropol’de sürdürülen kazılar yanında Asklepion’da da kazı faaliyetlerinin başlaması sonucu ortaya çıkartılan eselerin artması sebebi ile mevcut bina yetersiz kalmış ve yeni bir müze binasının yapılmasına gereksinim duyulmuştur.

1924 yılında arkeolojik eserlerin bir bölümü, şehir merkezinde yer alan ve 1934 yılında Halkevi Binası olarak kullanılmış olan binaya nakledilerek sergilenmeye başlanılmış ve Müzecilik hizmeti verilmeye çalışılmıştır. 1928 yılında bu müzenin yönetimine Osman Bayatlı getirilmiştir. O. Bayatlı arkeolojik eserlerin yanında bölgenin yakın dönem yaşam kültürüne ışık tutan etnografik eserleri de müze eser koleksiyonuna dahil etmiştir.1932 yılında Bergama’ya gelen Mareşal Fevzi Çakmak müze kurulması için talimat vermiştir. Türk-Alman işbirliği çerçevesinde Mimarlar Bruno Meyer ve Harold Hanson tarafından Zeus Sunağı planından esinlenen proje kapsamında, Eski bir mezarlık alanı olan bugünkü yerinde İzmir Valisi Kazım Dirik’in istemiyle 1933 yılında Müzenin temeli atılmıştır. 30 Ekim 1936’da yapımı tamamlanan Bergama Müzesi İzmir Valisi Fazlı Güleç tarafından ziyarete açılmıştır.

Teşhirde yer alan arkeolojik eserlerin büyük çoğunluğunu Akropol, Asklepion, Kızıl Avlu ( Serapeion), Musalla Mezarlığı alanında yapılan kazılardan bulunan eserler oluşturmaktadır. Bunların yanı sıra Bergama’nın yakın çevresindeki Pitane ( Çandarlı), Myrina (Güzelhisar), Gryneion ( Yeni Şakran) antik kentleri ,Kestel ve Yortanlı (Allionai) Barajı Kurtarma kazıları ile Bergama merkezde , Dikili Çandarlı Mahallesi 3.(üçüncü) derece arkeolojik sit alanlarında yapılan kazılarda ortaya çıkartılan eserler oluşturmaktadır. Eser sergilemesinde Tunç döneminden başlayan kronoloji Osmanlı dönemi sonuna kadar geniş zaman aralığını kapsamaktadır. Günlük kullanım ya da adak amaçlı çanak, çömlekler ile Yortanlı kapları, gaga ağızlı kaplar tunç dönemine ait eser gruplarını oluşturur. Antik Pergamon’a özgü yerel üretimler; megara kaseleri, aplike seramikleri, Pergamon sigillatası, kandiller, ilk defa Bergama’da basılmaya başlanmış kistophor sikkeleri dikkat çekici bir diğer eser gruplarını oluşturur.

Etnografya bölümünde Bergama ve yöresine ait geleneksel sosyal yaşamı, kültürel değerleri yansıtan zengin eser koleksiyonu bulunmaktadır. Bergama yöresinde bulunan Yörük, Türkmen, Çepni aşiretlerinin yöresel kıyafetleri, Bergama’ya ait gelin ve gündelik giysiler, Anadolu’nun önemli halı üretim merkezlerinden biri olan Bergama’nın Yuntdağı, Kozak, Yağcıbedir yöreleri olarak adlandırılarak tasnif edilmiş halı, kilim, heybe örnekleri, Bergama’nın tanınmış efelerinden olan Tuzcu Efe’nin Kurtuluş Savaşı sırasında kullanılmış şahsi kıyafetleri önemli eser gruplarını oluşturur.